Continuando nel racconto della storia del nostro piccolo paese, non si può non parlare delle vicende della Chiesa locale.
Un tempo la presenza ecclesiastica ad Azzio era costituita da una cappellania, che dipendeva direttamente dalla Collegiata di San Lorenzo in Canonica, la chiesa per il popolo di valle. Prima del XV secolo il paese non usufruiva della presenza costante di un sacerdote e veniva raggiunto solo per le funzioni. Nel primo Ottocento venne nominato un coadiutore.
La chiesa più antica, a due navate principale e laterale separate da pilastri, era dedicata a S. Eusebio e sorgeva alquanto discosta dal piccolo paese. Nel 1608 venne donata ai frati Francescani minori riformati, che sul luogo edificarono la chiesa del Convento tuttora esistente, dedicata poi a S. Antonio di Padova e a S. Eusebio, forse riutilizzando parte dell’antica costruzione.
Ma nel 1797 i francesi di Napoleone, insediatisi in Lombardia e fondata la Repubblica Cisalpina, in una logica tutta giacobina e anticlericale fecero sopprimere molti monasteri e istituzioni religiose, tra cui cadde anche il nostro Convento, nonostante le proteste della popolazione.
Cacciati i frati, i beni mobili e immobili furono messi all’asta. Gli arredi della chiesa furono acquistati in parte dalla popolazione, allo scopo di puntare subito al ripristino del Convento, mentre i restanti beni, incluse le campane, finirono alle chiese dei vari paesi circostanti. Al rientro degli Austriaci nel 1799 il Convento fu ripristinato con i frati ma, tornato Napoleone, nel 1810 venne addirittura soppressa gran parte degli ordini religiosi, quindi anche i frati Francescani riformati, e fu la fine del Convento.
Tutti gli edifici furono venduti a un unico compratore, che ne cedette una parte, la chiesa anzitutto, ai fratelli sacerdoti Mascioni, gli stessi che prenderanno l’iniziativa dell’apertura della famosa fabbrica d’organi. I due sacerdoti fecero a loro volta donazione della chiesa alla popolazione di Azzio, garantendole anche una rendita che consentisse la periodica manutenzione della storica costruzione.
In centro paese preesisteva invece una cappella dedicata a Santa Maria, già dotata di campanile, che ai primi del Seicento gli Azziesi adattarono a chiesa ad unica navata, successivamente intitolata alla B.V. Annunziata. Nell’ultimo Settecento, dopo rinvii dovuti alla carenza di fondi, si procedette a necessarie opere di restauro della chiesa, del cimitero che le stava davanti e del campanile grazie soprattutto ai parrocchiani, che offrirono il loro lavoro gratuitamente. Sul campanile rialzato campeggia ancora oggi l’iscrizione dell’anno 1791.
Nel 1815 fu realizzato l’attuale pavimento centrale e nel 1877, con la nascita della parrocchia autonoma, la chiesa divenne la parrocchiale. Nel 1889 iniziarono i lavori per l’ampliamento alle dimensioni attuali, su progetto gratuito dell’architetto milanese Tito Vespasiano Paravicini di Milano, che soggiornava ad Azzio per le vacanze. La chiesa venne portata a tre navate, con l’abbattimento di alcune costruzioni laterali private. E nel 1891 la ditta Mascioni costruì l’organo.
Tutta la Valcuvia, inclusa Azzio, insieme alla Val Marchirolo fa parte da sempre delle Valli Varesine poste sotto la diocesi di Como e costituisce quindi un’enclave nel territorio della diocesi ambrosiana.