Nella documentazione più antica ad oggi reperibile Oggiona, attualmente riferita alla parte nord del paese, è denominata vicus Ogiana; nel tardo Medioevo comparirà come Ugiona. Il toponimo deriverebbe da una“villa Augiana” o dal complesso dei “praedia Augiana” costituenti la grande proprietà fondiaria di un ricco cives romano, Augio, appartenente alla tribù milanese Oufentina. In epoca tardo-antica la denominazione Oggiona indicava l’intero territorio comunale.
Santo Stefano occupa la parte meridionale del territorio comunale e deve il suo nome al protomartire cristiano, lapidato probabilmente nel 33 d.C.
Nei primi anni del XX secolo fu trovata nel fondo Risetti a Santo Stefano una tomba a cremazione in urna che andò dispersa. Si conserva invece al Museo della Società di Studi Patri di Gallarate la lama di un pugnale di bronzo a forma di ulivo riferibile alla Cultura di Canegrate (XIII secolo a. C)
All’età romana imperiale si fanno risalire numerosi reperti, ritrovati in varie zone del territorio comunale. Al Museo della Società di Studi Patri di Gallarate si conserva una moneta in bronzo di Traiano, datata tra il 103 e il 112 d.C, proveniente da Santo Stefano. Sempre a Santo Stefano, in area “Rovereti”furono ritrovati dei tubuli in cotto; nella zona denominata”cantone” o “casa Pia” vi sono colonne murate.
Ad Oggiona, tra aprile e maggio 1990 furono ritrovati, tra via Como e via Risorgimento frammenti laterizi e ceramici, tra cui parte di una macina in pietra. L’area, definita dalla Soprintendenza ad altissimo rischio archeologico, ad ogni aratura restituisce numerosi frammenti di epoca romana. Si suppone possa trattarsi della zona insediativa cui afferisce la tomba alla cappuccina, ritrovata nel settembre 1988, corredata da un ricco corredo. La tomba, che faceva parte di una vasta area necropolare, si trova attualmente all’ingresso del municipio; il corredo, restaurato a spese del comune, è conservato presso la Soprintendenza per i Beni Archeologici di Milano.
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